> Хм, а у автора всё в порядке:
> http://lizard.phys.msu.su/home/compu_sci/sample.pdf . Жалко, он не
> опубликовал TeX-файл посмотреть.

Возможно, у него какое-то несоответствие версий: например, менялись
имена глифов, и какие-то файлы после этого не обновились. Факт тот,
что при попытке декомпиляции виртуального шрифта, отвечающего за
маленькие заглавные, утилитой vftovp я получаю:

$ vftovp faorc6u.vf > faorc6u.vpl
Bad VF file: Character 138 in font 0 will be ignored
Bad VF file: Character 144 in font 0 will be ignored
Bad VF file: Character 147 in font 0 will be ignored
Bad VF file: Character 138 in font 1 will be ignored
Bad VF file: Character 144 in font 1 will be ignored
Bad VF file: Character 147 in font 1 will be ignored

Как Вы понимаете, проблемные коды как раз и соответствуют символам
старой орфографии.
 
> То есть в шрифте "Пушкин" на этом месте стоит Ять, а в СМ-Super на
> этом же месте - игрек? Странно. Надо посмотреть, только не знаю что.

Вы же выводите текст шрифтами CM-Super в кодировке T2A, поскольку T2D
там не поддерживается. Более того, семейство cmr явно запрошено перед
выводом заголовка: \fontfamily{cmr}\selectfont. Понятное дело, что
вместо "Ятя" там будет какой-то другой символ.

Или Вас смущает, что игрек должен принадлежать к ASCII блоку, который в
обеих кодировках одинаков? Так тут, надо полагать, не латинский игрек,
а кириллический (из тюркских алфавитов). У него другой код.

--
Regards,
Alexey Kryukov <anagnost at yandex dot ru>

Moscow State University
Historical Faculty