Добрый день!
Если не пугают сценарии, то решение может быть таким

1) sed 's/\\unicode{\([^}]*\)}/[U+\1]/g' infile.tex >outfile.tex
в outfile.tex \unicode{...} заменятся на [U+...]

2) rucnv 21u outfile.tex outfile.tex
даст UTF-8 в otfile. Меняя цифры перед u, можнo получать любые кодировки. Rucnv можно взять с http://www.ibiblio.org/pub/linux/apps/misc/  файл rucnv-1.0.7.tar.bz2