У меня как раз 2.4 и была на флешке.

SET TEXMF=H:\miktex
SET LOCALTEXMF=H:\localtexmf


>> Думаю, что до версии MikTeX 2.4 всё будет работать замечательно при
>> простом переносе директории.
>> Начиная с 2.5 кажется он начал писать настройки в реестр.
>> Проверить не могу, год назад перешел на линукс.
>
> Я пользуюсь версией 2.4. Она создаёт две директории texmf и localtexmf
> при установке. Боюсь, что простым копированием я не смогу объеснить
> MikTeX-у 2.4, что я хочу адрес этих директорий, осбенно  localtexmf,
> заменить на тот, что будет на флешке, которая, как известно,
> подключается полд разными буквами (H:\, G:\, J:\ или еще что-нибудь)
>