1. Пишите, всё-таки, не так сумбурно и по-порядку.
2. Какие действия у вас над tex-файлом с eps-картинками выполняются? latex, dvips, ps2pdf? Или какие другие действия производите?
3. Если у вас уже есть картинки в pdf, а редакция требует файл в pdf, то почему не обработать текст через pdflatex?