Видимо, взять bbl файл и обработать потоковым редактором.
1) Так как записи bibitem разделяются пустыми строками, то объединить их в одну строку каждую относительно несложно, например, sed-ом.
2) Теперь пользуемся sort (возможно, немного полями сортировки придётся побаловаться).