XeTeX не при чём.
Если всё нормально, то собираться должно однозначно.
Не могли бы вы, если это возможно, показать: pdf старого и нового файлов, log (в идеале — от старой сборки тоже, но, видимо, это невозможно) и исходник?
Как вариант, могу попробовать у себя собрать TeX Live-ом для сравнения.