У меня XeTeX, Version 3.1415926-2.3-0.9997.5 (MiKTeX 2.9), ровно то же самое, что и у Вас. Попробуйте сравнить наши логи. Может выявятся различия.Например, LaTeX2e <2009/09/24> у меня и LaTeX2e <2011/06/27> у Вас. Хотя я специально сейчас сделал update MiKTeX, я не понимаю почему версии  LaTeX2e у нас различны.

Николай.