Расстояние между колонцифрой и текстом снизу регулируется переменной
\footskip. Например,

\setlength\footskip{17pt}

Тут надо учитывать, что это расстояние между подножием колонцифры и нижним
краем текст, поэтому оно должно быть больше на высоту футера. Если в
футере используется 10 кегль, то расстояние от базовой линии до верха
примерно 70% полной высоты, т.е. 7 пунктов. Итого 17 пунктов, но возможно
это не точно, поскольку в каждую строку вставляется подпорка, общий размер
которой больше кегля примерно в 1.2 раза. Короче, надо подбирать.

Сноска задаётся командой \footnoterule. Чтобы обеспечить 3 пунта,
переопределите ее так.

\renewcommand{\footnoterule}{ \kern-3.4pt \hrule width .4\columnwidth
\kern3pt}

Последняя отбивка как раз и задаёт расстояние между линейкой и сноской.
Команда \footnoterule не должна изменять форматирование, поэтому суммарная
высота всех элементов в ней должна быть нулевой: -3.4 + 0.4 + 3 = 0.