некоторые слова не переносяться (длинные
составные, например командно-составный) и вылезают справа.
Я помню, в xetex, по совету гугла, для переноса в таких словах делал так:
\makeatletter
\XeTeXinterchartokenstate=1
\XeTeXcharclass `\- 24
\XeTeXinterchartoks 24 0 = {\hskip\z@skip}
\XeTeXinterchartoks 0 24 = {\nobreak}
\makeatother