Трудно поверить, что есть шрифты которые никак нельзя заставить работать. Может дадите ссылку? Бывают шрифты с ошибками в кодах и тут, действительно, что-то сделать очень трудно. Afmtoenc может работать и с именами глиф, а не через уникод, но в сложных случаях, простых рецептов не бывает.