Вопрос в том, что Pgfplots очень хороший пакет для графиков, но его дефольтные настройки типографской корректности не обладают.
И значит, если сюда имеются типографы и не только; подобрать настройки имеющие топографической корректности...

Писал автору, он сказал - "да, я не типограф, но программист и сделать типографически корректные настройки не смогу; если знаете люди, которые могут, попросите их; настройки будут добавлены и будут рекомендоваться  пользователям."

Вкратце, привожу мои заметки о цветах при печати (и не только):

In printing Line Art (most of what Pgfplots does is exactly Line Art) is done only in solid colors. On screen every color is solid, but on paper solid colors are very limited numbers. In fact they are usually 4 - Black, Cyan, Magenta, Yellow, but Yellow is not legible and is not used for Line Art. So we have 3 colors - Black, Cyan, Magenta for color printing and only Black for black&  white printing. Every other color is produced using dithering, which is not suitable for line art.

Color maps going from 100% White to 100% Black are incorrect. Practical range in printing is somewhere between 10% Gray to 40% Gray. Since a figure must have a mean color matching the mean color of the text, not being a huge black spot.

Ну проблемы не только у цветах, но размеры и толщины всяких объектов надо подобрать надлежащим образом. На них, думаю, имеются вполне определенные стандарты типографические традиции.
Например, на страничку издательства Wiley:
http://eu.wiley.com/WileyCDA/Section/id-302877.html


Почта автора можно найти в документации к пакету.
http://pgfplots.sourceforge.net/pgfplots_unstable.pdf