Дал пример на (кириллический, кодировка T2A) Charter и вот он:
(на место то чтобы обсуждать вопросы которые сам и не понимаю :D )

http://narod.ru/disk/13391095000/CharterCyr.zip.html
http://narod.ru/disk/13391098000/MathDesign-CharterCyr.zip.html

Распакуйте архивы в дерево каталогов TeX.
(имейте ввиду, что он переопределяет стандартный пакет MathDesign)

Выполните в командной строке:
initexmf --edit-config-file dvips
Добавьте следующую строку и сохраните:
p +ich.map
 
Выполните в командной строке:
initexmf --edit-config-file pdftex
Добавьте следующую строку и сохраните:
map +ich.map
 
Выполните в командной строке:
initexmf --edit-config-file updmap
Добавьте следующую строку и сохраните:
Map ich.map
 
Использование:
\usepackage[charter,expert]{mathdesign}