> Однако в кодировках, указанных в статье (http://tug.org/fontname), для кирилицы нет лигатур, а afm2tfm уникода ни понимает и про ёлочки и вьетнамские кавычки, например, не знает...

А у меня лигатур и для T1 нет. Почему, не знаю. Для afm2tfm также точно, а мне елочки очень нравятся.

> Не пробовали afmtoenc (http://litwr.narod.ru/tex.html)? Некоторые вещи до сих пор по-простому можно сделать только с этой утилиткой.

Попробую. А он кернинг сохраняет? Для afm2tfm что то с кернингом не так, а вот fontinst сохраняет его как надо.