Ю.> Понятие пакет включает в себя не только контейнер для
Ю.> файлов, но и pre/post/de- инсталяционные скрипты.
Ю.> Плюс возможность отслеживать зависимости между пакетами:
Ю.> A зависит от B, рекомендует C и т.д.

Но зависит от используемого менеджера пакетов.
Мы здесь говорим о пакете, который может быть установлен всюду, всеми.
Это самая большая проблема всех UNIX-подобных систем с их пакетов и менажеров.
И чем меньше зависимости, тем лучше жизнь.
Вот например MiKTeX package manager использует mpm файлы
для того, чтобы хранить всю ту информацию:
http://docs.miktex.org/manual/mpm.html
http://miktex.org/packages/

Ю.> Также, было бы не
Ю.> плохо иметь одно общее место для хранения всей
Ю.> документации, что бы не рыскать по всей системе,
Ю.> вплоть до исходников, в поисках где же это лежит...

http://docs.miktex.org/manual/mthelp.html

Ю.> Насколько я знаю, такие системы сейчас существуют в основном
Ю.> под UNIX-like, но сейчас их активно портируют и под Win-OS
Ю.> (packman, apt, может ещё что...).

Точно напротив.
http://miktex.org/unx/about