В документации geometry по идее предупреждают:
----------------------------------------------
10    Known problems

•  With pdftex=true, mag $\neq$ 1000 and truedimen, paperwidth and
paperheight shown in verbose mode are different from the real size of
the resulted PDF. The PDF itself is correct anyway.

•  With  pdftex=true,  mag $\neq$ 1000,  no  truedimen,  and
hyperref,  hyperref  should  be  loaded  by \usepackage before
geometry. Otherwise the resulted PDF size will become wrong.

•  With crop package and mag $\neq$ 1000, center option of crop
doesn’t work well.
----------------------------------------------
Нашёл такую штуку: http://texcatalogue.sarovar.org/entries/fixpdfmag.html
Вроде этот пакет должен исправить ситуацию с pdftex.
Однако при попытке использовать получаю:
----------------------------------------------
Undefined control sequence.
----------------------------------------------
Что не понимает LaTeX в коде патча?

--
С уважением — Эдуард