Увы, с
----------------------------------------------------
\usepackage{geometry}
\geometry{marginparwidth=1cm, lines=41}
\usepackage{ifpdf}
\ifpdf
 \mag=1200
 \usepackage[a4, center]{crop}
\else
\fi
----------------------------------------------------
содержимое по-прежнему не по центру, а с немасштабируемыми единицами:
----------------------------------------------------
\usepackage[truedimen]{geometry}
\geometry{marginparwidth=1cm, lines=41}

или

\usepackage{geometry}
\geometry{truedimen, marginparwidth=1cm, lines=41}

или

\usepackage{geometry}
\geometry{truedimen, marginparwidth=1truecm, lines=41}

или

\usepackage{geometry}
\geometry{marginparwidth=1truecm, lines=41}
----------------------------------------------------

получаю:
----------------------------------------------------
Incompatible magnification (1300);

\AtBeginDocument
                      {\@nameuse{CROP@init@\CROP@driver}}
I can handle only one magnification ratio per job. So I've
reverted to the magnification you used earlier on this run.
----------------------------------------------------

--
С уважением — Эдуард