По знакам препинания. Тире, пожалуй, действительно надо в начало
абзаца, насчёт двоеточия, запятых и переформулировки фразы буду
думать.

> Это был тяжелый выбор :)  Я думал, что Вам, наоборот, не понравилось
> бы, если бы в последовательности нескольких формул, оформленных со
> сносками и без, номера в скобках "плясали" бы вправо-влево.
>
> Но если номера формул со сносками редко попадают в одно поле зрения с
> номерами без сносок, то, по-моему, можно просто убрать \rlap:
>
> tag*{$(\theequation)$\protect\hyperlink{myfootnote1}{\protect\footnotemark}}%
>
> А.

Эх, плохой из меня программист! Или усталость сказалась? Действительно
— просто убрать \rlap и всё! Чего это я наворотил :—)

Выступающая сноска особенно плохо смотрится, если выступает на узкое
корешковое поле страницы. А чтобы номера формул не плясали, может,
переопределить, где номер выключается вправо и добавить туда
отрицательный пробел или что-то в этом роде — чтобы ВСЕ номера
отступали от правого края страницы одинаково? Надо поискать, где это
делается.