Эдуард, добрый день!

Вот несколько улучшенный вариант номера уравнения со сноской.
Преамбула стала длиннее за счет подключения кириллицы.  Гиперссылки
обеспечиваются средставми пакета hyperref.  Имена myeqn1 и myfootnote1
для объектов ссылок (уравнение и сноска) выбраны совершенно
произвольно.

Единственная проблема, с которой я не справился (и, боюсь, таким
кустарными средствами с ней действительно не справиться) - это
невозможность пользоваться командой \eqref для того, чтобы ссылаться
на уравнение со сноской (что иллюстрируется в самом конце файла).  Но
вряд ли у Вас будет много таких уравнений, можно, пожалуй, номера и
вручную ставить :)

Хорошо бы кто-то из более компетентных коллег откликнулся и сделал "правильно".

Ваш
А.

\documentclass{article}

\usepackage[T2A]{fontenc}
\usepackage[koi8-r]{inputenc}
\usepackage[russian]{babel}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[colorlinks]{hyperref} % should be loaded last

\begin{document}

Вот уравнение:
\begin{equation}
  \label{eq:1}
  A = B.
\end{equation}
Затем идет текст со сноской\footnote{Первая сноска.}, который вводит
другое уравнение:
\hypertarget{myeqn1}{\begin{equation}
  \label{eq:2}
  E = mc^2
  \stepcounter{equation}
  \tag*{$(\theequation)$\rlap{\protect\hyperlink{myfootnote1}{\protect\footnotemark}}}%
\end{equation}}
\footnotetext{\hypertarget{myfootnote1}{Уравнение Эйнштейна.}}%
Еще какой-то текст со сноской\footnote{Вот она.}.  И еще одно уравнение:
\begin{equation}
  \label{eq:3}
  x^n + y^n = z^n
\end{equation}
Теперь попытаемся сослаться на уравнение~\eqref{eq:2} [а должно-то
быть вот так: (\hyperlink{myeqn1}{2})].

\end{document}